За это он предстал перед судом правителя Юлиана и бесстрашно объявил себя христианским епископом. Его бросили в темницу, где долгое время томили голодом и жаждой, потом предали жестоким истязаниям, но мучения не поколебали мужественного исповедничества святителя. В оковах святого повели в город Синаон во Фригии, оттуда в Анкиру. В этих городах его снова пытали.

Затем привели святого Ферапонта к реке Астале, обнаженного растянули крестообразно на земле, привязав к четырем кольям, вбитым в землю, и жестоко избили. После этого истязания страстотерпца Христова привели в пределы Саталийской епископии, подчинявшейся Сардийской митрополии, и здесь после долгих избиений святитель Ферапонт закончил свой мученический подвиг. Сухие колья, к которым был привязан святой, напитанные его кровью, дали зеленые ростки и выросли в большие деревья, листья которых обрели целебные свойства и многим людям подавали благодатные исцеления.